Обычно мотыля хранят в воде, которая постоянно меняется, или в прохладном месте вперемешку с использованной чайной заваркой, а также влажным мхом во влажной шерстяной или фланелевой тряпице. Но недостаток этого вида хранения в том, что воду приходится менять довольно часто.
Степень надежности при хранении мотыля можно заметно повысить с помощью мини-компрессоров, которыми пользуются любители комнатного рыбоводства. С этой целью мотыля надо поместить на мелкую капроновую сетку с бортиками, подвесить ее в середине ведерка с водой, включить компрессор и содержать личинок при температуре 5 - 10°С. Примерно раз в неделю воду в ведерке надо заменять. В таких условиях мотыль хранится довольно долгое время.